Ein Masterstudiengang zielt darauf ab, den Studierenden fortgeschrittene wissenschaftliche Qualifikationen zu vermitteln mit einem Schwerpunkt auf systematischem kritischem Denken. Dieser Studiengang bietet den Studierenden eine hochrangige berufsorientierte Qualifikation in einem Spezialgebiet der Biowissenschaften.

Der Schwerpunkt der Masterarbeit liegt auf dem eigenständigen Forschungsprojekt der Studierenden. Damit entwickeln diese die Fähigkeit, aktuelle wissenschaftliche Methoden und Erkenntnisse anzuwenden, die für ihr gewähltes Teilgebiet spezifisch sind. Dazu gehört auch, dass sie ihre Fähigkeit verbessern, auf der Grundlage allgemeiner Konzepte spezifische Forschungsfragen zu formulieren und diese sowohl theoretisch als auch praktisch zu analysieren und experimentell zu überprüfen.

Masterstudierende können auch experimentelle Arbeiten in einem der Forschungslabore des DBM durchführen. Da das lokale Studienprogramm vom Biozentrum durchgeführt wird, muss die DBM Betreuerin bzw. der DBM Betreuer einer Masterarbeit als Fakultätsvertreter der Naturwissenschaftlichen Fakultät anerkannt sein, und die Studierenden müssen im Masterstudiengang Molekularbiologie am Biozentrum Basel eingeschrieben sein. (Biozentrum Master in Molekularbiologie).

Studierende anderer Einrichtungen, die eine Masterarbeit am DBM schreiben möchten, müssen die Bestimmungen ihrer jeweiligen Universitäten/Fakultäten befolgen.