Am 4. April 1460 fand im Münster zu Basel die feierliche Eröffnung der Universität statt. Caspar Bauhin war der erste Professor Ordinarius, der 1589 zum Inhaber des Lehrstuhls für Anatomie (und Botanik) ernannt wurde. Ein "theatrum anatomicum" und ein "hortus medicus" wurden eingerichtet.

Schon im 16. Jahrhundert wurde von einzelnen "Anatomien" berichtet, dabei handelte es sich vor allem aber um Zergliederungen, die nicht öffentlich waren, sondern vornehmlich der Weiterbildung von Ärzten und Chirurgen dienten.

Die Anwesenheit von Andreas Vesal in Basel im Jahre 1543 war ein äusserst wichtiger Markstein für die Entwicklung des Anatomischen Instituts. Vesal war nach Basel gekommen, um den Druck seines epochalen Werkes «De humani corporis fabrica, libri septem» zu überwachen.